Родилась селе Успенском Льговского уезда Курской убернии в семье мелкопоместных дворян.
В 1899 г. окончила «Коллективные уроки общества воспитательниц и учительниц», приравнивавшиеся в то время к Высшим Женским курсам. Посещала лекции по биологическим дисциплинам в Московском университете. Вышла замуж за Сергея Федоровича Нагибина — ученого-физиолога.
В 1901 г. С.Ф. Нагибин получил в наследство родовое имение Старое Першино в Дмитриевском уезде Курской губернии, куда супруги и перебрались на место жительства. Там они собирали и выращивали в своём саду уникальные и редкие растения. Организовали школу для крестьянских детей. За свой счёт содержали учителей, а летом М. Нагибина учила детей сама.
В 1904 г. М.П. Нагибина стала работать научным сотрудником Ботанического сада Московского университета, совмещая практическую деятельность с преподаванием. Тогда же начались её биологические исследования, которые были связаны с изучением флоры Дмитриевского уезда. Составленный ею «Большой гербарий растений Курской губернии» передан в Московский университет.
В 1909-1910 гг. она как куратор отдела цветоводства посетила ботанические сады Бельгии, Англии и Германии, где познакомилась с основными тенденциями развития декоративного садоводства.
В 1916 г. окончила Народный университет им. А.Л. Шанявского.
В 1917 г. с приходом Советской власти Нагибина живет и работает в Старом Першино.
В 1919 г., существующее при Московском университете с 1805 г. Московское общество испытателей природы (МОИП), создает первую в Советском Союзе биологическую научную станцию - 7 десятин земли и 23 десятины леса в Старом Першино Дмитриевского уезда Курской губернии. Первым заведующим Старо-Першинской биостанцией стал С.Ф. Нагибин, после его смерти (1921) заведовать ею стала Мария Павловна.
Старо-Першинская биологическая станция просуществовала вплоть до 1930-х гг.
С 1926 г. станцией завдовал Н.А. Гладков. К работе на ней привлекались многие, впоследствии весьма известные, выдающиеся ученые - ботаники и зоологи Московского университета: К.И. Мейер, Ф.Н. Крашенинников, В.В. Миллер, Г.И. Поляков, Е.С. Птушенко и др.
В 1919 г. М. Нагибина стала одним из создателей экспозиции Дмитриевского музея родиноведения (ныне Дмитриевский краеведческий музей им. А.Ф. Вангенгейма). Являлась членом жюри проходивших на курской земле сельскохозяйственных выставок и участвовала в их представительстве на Всероссийских выставках.
В 1925 г. после выхода постановления Курской губернской прокуратуры «О выселении бывших помещиков» заведующая биостанцией М.П. Нагибина вынуждена покинуть свое бывшее имение.
В апреле 1926 г. с пятью детьми она переезжает в Москву и устраивается на работу в Ботанический сад.
В те годы основные направления развития советской биологии определялись учением В.И. Мичурина. М.П. Нагибина стала заниматься выведением новых декоративных сортов морозоустойчивых растений, собирая материал по всему Советскому Союзу.
В 1933 г. в Московском Ботаническом саду организована Лаборатория зелёного строительства, где М.П. Нагибина стала работать цветоводом-селекционером. Увлеклась селекцией цветов и вывела более 40 сортов. Наиболее известные: «Памяти Чкалова», «Как закалялась сталь», «Память Ермоловой», «Розовая Гортензия», «Колхозница», «Салют», «Москвичка», «Эос», «Привет ВСХВ», «Красный коралл», «Нарцисс», «Гайавата». Один из сортов флоксов, она назвала своим именем, «Мария Нагибина».
В годы Великой Отечественной войны (1941-1945) сорта Нагибиной были перепутаны, и после войны под одним и тем же названием по стране распространялись разные сорта. Но и поныне некоторые сорта, выведенные Нагибиной, можно увидеть в коллекции Ботанического сада МГУ и в цветниках цветоводов-любителей.
Некоторые селекционеры, в знак уважения и признательности, именем М.П. Нагибиной называли новые, выведенные ими сорта цветов. А.Г. Марков - флоксы, «Воспоминание о Нагибиной». Л.А. Колесников - сорт сирени, «Мария Нагибина».
М.П. ;Нагибина являлась одним из крупных специалистов по зелёному строительству, состояла членом научно-технического совета Академии Коммунального хозяйства. Она автор проектов большого числа Московских цветников.
Скончалась в Москве. Похоронена на Новодевичьем кладбище.
Научные работы: «Краткий очерк растительности Дмитриевского уезда Курской губернии» (1922), «Растительность Курской губернии», «К изучению растительности Курской губернии» (1924).
Нагибина — автор статей, воспоминаний, популярных брошюр и пособий:
«Королевский ботанический сад в Кью» (1911),
«В природу: Пособие для прохождения начального природоведения» (1917),
«Памяти проф. С.И. Ростовцева» (1927),
«За зеленую Москву, за зеленые жакты» (в соавторстве),
«Уход за комнатными растениями» (1934).
Здание Старо-Першинской усадьбы Нагибиных служило школой до конца 1960-х гг. Затем разрушено.
В 2007 г. издана биографическая книга «Ботаник Мария Павловна Нагибина. 1878-1943».
Н. Трушинева.
Ист: Открытый музей 2013/№2 (4) Курский альманах истории и культуры.